Podobnie jak wczesne A6M2, także i A6M5 różniły się między sobą odcieniem w zależności od tego, z którego zakładu produkcyjnego pochodziły.W przeciwieństwie do A6M2 gdzie aby stwierdzić przez którą fabrykę samolot był wyprodukowany dobrze by było znać jego numer seryjny, A6M5 dość łatwo odróżnić gdyż Mitsubishi i Nakajima stosowały nieco odmienny schemat kolorystyczny (granica podziału kolorów).

Jeśli próbować posłużyć się wzornikiem FS to kolory A6M5 można by określić jako:
Ciemnozielony/jasnoszary
~4052/6350 dla samolotów prod.Mitsubishi
Ciemnozielony/jasnoszary
4077/6307 dla samolotów prod.Nakajima.
Kolor kokpitu jak łatwo się domyślić też był różny dla obu zakładów.I tu jest mała "zagwozdka".Bo o ile macierzyste zakłady Mitsubishi w A6M5 raczej cały czas używały farb o odcieniu zbliżonym do amerykańskiego Interior Green (4097/4151) to w późnych A6M produkcji zakładów Nakajima można już spotkać tych odcieni o wiele więcej.Według wzorca FS byłyby to m.in. : -4095/97, -4373,-4255/57